文の中で使われる動詞が一般動詞かbe動詞か,によってどちらを使うかが決まります。
一般動詞を使った文の疑問文のときは,Do you~? で始まります。
be動詞areを使った文の疑問文のときは,Are you~? で始まります。
例文でみてみましょう。
[Do you~?の場合]
・You speak English.(あなたは英語を話します)
この文は,speakという一般動詞を使っています。この文を疑問文にするときは,前にdoをもってきます。
→Do you speak English?(あなたは英語を話しますか)
[Are you~?の場合]
・You are Tom.(あなたはトムです)
この文はbe動詞areを使っています。be動詞の場合,疑問文にするときはbe動詞を文のはじめに置きます。
→Are you Tom?(あなたはトムですか)