「Are you~?」は「あなたは~ですか」という意味,「You are~」は「あなたは~です」という意味の文です。
最初に「You are~」の文を作り,その後で「Are you~?」の疑問文(たずねる文)に直すとわかりやすいです。
[例]
You are a student. (あなたは学生です)
Are you a student? (あなたは学生ですか)
You are from Tokyo. (あなたは東京出身です)
Are you from Tokyo? (あなたは東京出身ですか)