<主語+does.>の形で「No.3 does.」と答えるのがふつうです。
Take Bus No.3.(3番のりばのバスに乗ってください)でも話は通じますが,より口語的な表現になります。
<Which+名詞+一般動詞~?>の疑問文は「どちらの〔名詞〕が~しますか」という意味です。
[例]
Which bus goes to the station? (どのバスが駅に行きますか?)
No.3 does. (3番のりばのバスです)
※答えの文は<主語+do[does].>で答えます。(上の例文では,does=goes to the station)
この文の<which+名詞>は,「どちらの〔名詞〕が」という意味で〔主語〕のはたらきです。