文の中で使われる動詞が一般動詞かbe動詞か，によってどちらを使うかが決まります。
一般動詞を使った文の疑問文のときは，Do you～？　で始まります。
be動詞areを使った文の疑問文のときは，Are you～？　で始まります。
例文でみてみましょう。

[Do you～？の場合]
・You speak English.（あなたは英語を話します）
この文は，speakという一般動詞を使っています。この文を疑問文にするときは，前にdoをもってきます。
→Do you speak English?（あなたは英語を話しますか）

[Are you～？の場合]
・You are Tom.（あなたはトムです）
この文はbe動詞areを使っています。be動詞の場合，疑問文にするときはbe動詞を文のはじめに置きます。
→Are you Tom?（あなたはトムですか）