more than~もover~もあとに数字がきた場合は,どちらも「~より多い」という意味になります。
今回の文の場合,あとに1000 years agoと数字がきていますので,more thanをoverに書き換えても意味は同じです。
ただし,あとに形容詞などがくる場合は,more thanのみ使えてoverは使えないことがありますので気をつけましょう。
■more than~
○ more than+数字 「~より多い」
○ more than+形容詞・副詞など 「とても~」
■over~
○ over+数字 「~より多い」
× over+形容詞・副詞など
※この形では通常使えません。
[例]
・There are more than 1000 students in our school.
(わたしたちの学校には1000人より多くの生徒がいます)
= There are over 1000 students in our school.