「put on your jacket」も「put it on」も,どちらも語順は正しいです。
「put on」のような動詞句の場合,目的語が具体的な名詞のときと代名詞のときでは,語順が違います。
・目的語が具体的な名詞のとき:<動詞+前置詞+目的語の具体的な名詞>の語順
・目的語が代名詞(it, themなど)のとき:<動詞+目的語の代名詞+前置詞>の語順
[例]put on~(~を着る,身につける)
・Put on your jacket. (上着を着なさい)
・Put it on. (それを着なさい)
[例]write down~(~を書きとめる)
・Please write down your name and address here.
(ここにお名前と住所を書いてください)
・I need your name and address. Please write them down here.
(あなたのお名前と住所が必要です。ここにそれらを書いてください)