両方とも未来のことを表すときに使えます。

言葉のニュアンスの違いとしては，「will」は不確定な未来や予測，「be going to～」はすでに確定している未来や予定をあらわすときに使います。（ただし，厳密には意味が少し異なるため，どちらか一方しか使えない場合もあります。）

意味とセットにして例文を覚えておくと，わかりやすいです。
・It will rain tomorrow.
（明日は雨が降るでしょう）→単純な予測
・I am going to visit him at 10 tomorrow morning.
（わたしは明朝10時に彼を訪ねる予定です）→確定している予定

ただし，使い分ける必要がないときは，問題文の条件（語数や前後の文とのつながり）によってどちらを使うか判断しましょう。