「１つ」という意味は普通，aやanで表します。１つであることが強調されるときにoneを使います。a penをone penにかえても文法的には間違いとは言えませんが，a penのほうが自然です。

基本的にa（an）は初めて登場するある特定の人[物]を指したり，あるいは特定しないで漠然と｢１人（１つ）の｣という意味で使われます。
・I have a brother. （わたしには兄がいます）
※aをoneにかえることができます。ただし，oneだと１人を強調し，兄が１人しかいない，となります。aだと「ほかに兄がいるうちの１人」とも考えられます。
「give a pen」の場合も，「いくつかあるうちの１つ」をあげるのでしょうからa penが自然です。

次の場合，oneにするのが普通です。
[数詞とともに使われるとき]
・I have two dogs and one cat.　（わたしは２匹の犬と１匹の猫を飼っています）
※前にtwoという数詞があるのでoneを使います。
[onlyとともに使われるとき]
・She has only one child. （彼女は子どもがたった１人しかいない）
※aにはかえられません。