withは前置詞，togetherは副詞なので使い方が違います。

［with］
withは前置詞なので，この単語だけでは使いません。後ろに名詞や代名詞を置きます。
［例］　I went to China with my family. （わたしは家族と一緒に中国に行きました）

［together］
togetherは副詞なので，単独で動詞を修飾します。
［例］　He and I walked together.　　　（彼とわたしは一緒に歩きました）