do homeworkのdoは，否定文や疑問文を作るときのdoではなく，「～する」という意味の一般動詞です。homeworkは「宿題」という意味の名詞なので，「宿題をする」という場合にはdo homeworkとなります。
 

・I do my homework.（わたしは宿題をします）

※「～する」という意味の「do」は次のような使い方もします。

・What are you going to do tonight? （あなたは今夜何をする予定ですか）
・I did a lot of work today. （わたしは今日，たくさんの仕事をしました）