do homeworkのdoは,否定文や疑問文を作るときのdoではなく,「~する」という意味の一般動詞です。homeworkは「宿題」という意味の名詞なので,「宿題をする」という場合にはdo homeworkとなります。
・I do my homework.(わたしは宿題をします)
※「~する」という意味の「do」は次のような使い方もします。
・What are you going to do tonight? (あなたは今夜何をする予定ですか)
・I did a lot of work today. (わたしは今日,たくさんの仕事をしました)