日本語は必ずしもそのまま英語にあてはめればよいというわけではなく，注意しなければいけないものもあります。
「あなたは彼女が好きですか」は，「彼女が」を「彼女を」に置き換えることができるので，目的格herになります。
彼女がわたしたちの先生です。
She is our teacher.
※「彼女を」に置き換えられないのでsheになる。
わたしは彼女が好きではない。
I don’t like her.
※「彼女を」に置き換えることができるので，herになる。
わたしは彼が必要です（必要としている）。
I need him.
※「彼を（必要としている）」と置き換えることができるので，himになる。