現代仮名遣いに直すときの「ア段の音＋う(ふ)」→「オ段＋う」というルールは原則で，例外もあります。

 

「こひねがふ」の読みは，「こいねがう」「こいねごう」と2とおりあります。よって，現代仮名遣いも2とおりあることになります。

 

同じような例外の例として，次のような語があります。
・慕ふ（したふ）→現代仮名遣いでは「したう」「しとう」
・嫌う（きらふ）→現代仮名遣いでは「きらう」「きろう」
・買ふ（かふ）→現代仮名遣いでは「かう」「こう」

 

「ねごう」でも間違いではありません。
ただ，『願う（ねがう）』のように，現代でもそのままで通じる古語を現代仮名遣いに直す場合は，現代語の表記方法に合わせます。